BlueSpice - Benutzerbeiträge [de]

DKTK Samply Beam

2022-10-21T09:53:17Z

WikiSysop:

[[Datei:1666345648240.png|alternativtext=|zentriert|1500x1500px]]

DKTK Samply Beam

2022-10-21T09:47:40Z

WikiSysop: Die Seite wurde neu angelegt: „mini“

[[Datei:1666345648240.png|mini]]

Datei:1666345648240.png

2022-10-21T09:47:33Z

WikiSysop:

CentraXX - Eigene Tools

2022-09-30T14:29:36Z

WikiSysop:

# Tools für CentraXX

Im Folgenden werden die selbst-erarbeiteten Tools für CentraXX vorghestellt und erläutert, wie diese zu bedienen sind.

=== CentraXX-Excel-Filler aka Annotation der PID an Patientenliste ===
'''ORT:''' U:\Projekte\Centraxx\centraxx_excel_filler

Bei diesem Tool handelt es sich um eine Annotation einer vorhandenen Excel Liste.

Falls Sie eine Excel-Liste mit Patienten haben, versucht dieses Tool alle ID's der Patient:innen zu suchen.

Benötigt werden die folgenden drei Felder mit je einer Spalte:

# Vorname
# Nachname
# Geburtsdatum
# Name der xlsx-Datei

Die folgenden Dateien werden dazu benötigt:

# centraxx_excel_filler.properties
# centraxx-excel-filler-fat-1.0-SNAPSHOT.jar
# Eine '''xlsx'''-Datei die annotiert werden soll (KEINE XLS DATEI!)

==== Anleitung ====

===== Befüllen der .properties Datei =====

{| class="wikitable"
|+
!Variablenname
!Beschreibung
|-
|excel.path
|Dateiname mit Dateiendung (zB Biobank.xlsx)
|-
|mapping.first-name
|Spaltenname in dem der Vorname steht (zB Patientenvorname)
|-
|mapping.last-name
|Spaltenname in dem der Nachname steht (zB Patientennachname)
|-
|mapping.birthday
|Spaltenname des Geburtsdatums (Tagesaktuell)
|-
|database.url
|Url der Datenbank (in unserem Fall für Produtiv): swamepbbdb1.intra.kgu.de:1433
|}

===== Ausführen der .jar-Datei =====
Klicken Sie zum ausführen der .jar-Datei in das Adressfeld und markieren Sie den kompletten Pfad.

[[Datei:Anleitung cmd-Befehlt in Ordner.png|mini|631x631px|Markieren des Pfades|alternativtext=|zentriert]]

Anstelle des Pfades können Sie nun <blockquote>cmd</blockquote>einfügen.

[[Datei:cmd.png|mini|467x467px|alternativtext=|zentriert]]

Anschließend öffnet sich die Kommandozeile im aktuellen Ordner.

[[Datei:Centraxx-excell-filler run jar.png|mini|591x591px|alternativtext=|zentriert]]

Führen Sie diesen Befehl aus, nachdem Sie die .properties-Datei befüllt haben.

<blockquote>java -jar centraxx-excel-filler-fat-1.0-SNAPSHOT.jar --database-user <USERNAME> --database-password <PASSWORD></blockquote>Für <USERNAME> und <PASSWORD> tragen Sie bitte die entsprechenden Daten ein.

Nachdem das Skript durchgelaufen ist, sollte im gleichen Ordner eine neue Datei erstellt worden sein, mit den annotierten Daten.

===== Anmerkungen =====
Die Suche liefert '''keine''' Ergebnisse sollte die Person '''nicht eindeutig''' in CentraXX bestimmbar sein. Zum Beispiel, wenn sie den selben Namen und das gleiche Geburtsdatum haben.

Sollte die Person in CentraXX nicht gefunden werden, wird auch keine ID ausgegeben

=== Proben umhängen ===
TODO

Serveradministration

2022-09-30T14:26:54Z

WikiSysop:

=== Serveradministration ===
Die folgenden Server sind über Hetzner zu erreichen (https://console.hetzner.cloud/projects/313256/servers):

# APProVe-Produktiv 135.181.145.86
# iBDF-Server 49.12.108.4
# proskive 88.99.122.71
Nachfolgend die Server im Intranet:

# GBA-Server diz-gba.intra.kgu.de
# DKTK-Server 172.16.100.73
# Demo APProVe 141.2.205.169

Für eine Übersicht der laufenden Dienste klicken Sie bitte [[Serverübersicht|hier (Serverübersicht)]].

==== Wartung ====
Pakete updaten:<blockquote>apt-get update && apt-get upgrade</blockquote>

=== 1. iBDF-Server: Laufende Services und Ort der docker-compose.yml ===
Alle Services laufen im /opt/-Ordner.

Alle bisher erstellten Backups befinden sich im /opt/backups/-Ordner

Alle bisher erstellen Datenbank dumps liegen in /op/database-dumps/-Ordner

# Redmine (/opt/redmine_prod/)
# Drupal (/opt/drupal/)
# Wekan (/opt/wekan-mongodb/)
# OnlyOffice (/opt/Docker-CommunityServer/)
# Bluespice (/opt/bluespice/)
# APProVe Marburg (/opt/proskive/)
# LimeSurvey Productive (/opt/limesurvey-prod/)
# LimeSurvey Test (/opt/docker-limesurvey/)
# Kimai (/opt/kimai/)

==== Backups der einzelnen Docker Dienste ====
Für jeden laufenden Docker-Service muss die Datenbank und die persistierten Volumes gesichert werden und über einen cronjob automatisiert sein. Dazu muss zu jeden Service ein Script bereitgestellt werden, dass via <blockquote>crontab -e </blockquote>automatisert werden kann.

===== Übersicht bereits automatisierten Backups =====
Die einzelnen Services werden mittels Volumes auf der Festplatte persistiert.

Es gibt mehrere Möglichkeiten für ein Backup:

# Da die Volumes auf der Festplatte persistiert werden (mitsam des Datenbank-Services) können die Volumes gesichert werden.
# Für eine erhöhte Sicherheit, oder falls es zu Datenbank-Upgrades kommt, sollte die jeweilige Datenbank über ein dump zusätzlich gesichert werden.

{| class="wikitable"
|+
!Service
!Location Backup Script
!Location Database Backup
!Location Volume Backup
!Cronjob
|-
|Redmine
|/opt/redmine_prod/backup.sh
|/opt/database-dumps/redmine
|/opt/backup/redmine
|0 0 * * 7 /bin/bash -c "/opt/redmine_prod/backup.sh" >> /opt/redmine_prod/cronjob.log 2>&1
|-
|OnlyOffice
| -
| -
|/opt/backup/OnlyOffice
| -
|-
|Wekan
| -
| -
|/opt/backup/wekan
| -
|-
|LimeSurvey
| -
| -
|/opt/backup/limesurvey
| -
|-
|Bluespice
| -
| -
|/opt/backup/bluespice
| -
|-
|Kimai
| -
| -
| -
| -
|-
|APProve Marburg
| -
| -
| -
| -
|}

===== Zusätzliche Anleitungen =====

====== Redmine ======
Über die readme.txt im Ordner /opt/redmine_prod können weitere Informationen eingeholt werden zum Image.

'''Plugins'''

Um Plugins in Docker installieren zu können, muss ein eigenes Image gebaut werden, in dem die Plugins vorinstalliert sind. Das zugehörige Dockerfile ist im gleichen Ordner und kann über <blockquote>docker-compose build</blockquote>erstellt werden. Wenn ein neues Plugin hinzugefügt werden soll, muss es über den COPY-Befehl eingebunden werden.

=== 1. GBA-Server: Laufende Services und Ort der docker-compose.yml ===

==== GBA-Bridgehead ====
Ort: /srv/gba/BlazeStoreETL

Befüllt den lokalen Blaze Store über eine ETL mit Daten aus CentraXX

Bei Problemen oder ausfällen:

Zuerst versuchen, ob das Problem mittels neustart der Container behoben werden kann.<blockquote>docker-compose down && docker-compose up -d && docker-compose logs -f</blockquote>Falls das Problem weiterhin besteht (fehlerhafte Dateien in Blaze) versuchen die Datenbank neu zu befüllen.<blockquote>bash BlazeStoreETL.sh</blockquote>Dadurch wird das Volume von Blaze gelöscht und neu befüllt. Das Skript zieht automatisch Daten aus CentraXX, konvertiert diese in FHIR-Dateien und befüllt den lokalen Blaze Store.

=== 2. DKTK-Server ===

=== 3. Demo-APProVe: Laufende Services und Ort der docker-compose.yml ===
Ort: /opt/proskive/simpleDeploy/Demo-Deployment-Files<blockquote>docker-compose down && docker-compose up -d && docker-compose logs -f</blockquote>

Serveradministration

2022-09-30T14:17:12Z

WikiSysop:

=== Serveradministration ===
Die folgenden Server sind über Hetzner zu erreichen (https://console.hetzner.cloud/projects/313256/servers):

# APProVe-Produktiv 135.181.145.86
# iBDF-Server 49.12.108.4
# proskive 88.99.122.71
Nachfolgend die Server im Intranet:

# GBA-Server diz-gba.intra.kgu.de
# DKTK-Server 172.16.100.73
# Demo APProVe 141.2.205.169

Für eine Übersicht der laufenden Dienste klicken Sie bitte [[Serverübersicht|hier (Serverübersicht)]].

==== Wartung ====
Pakete updaten:<blockquote>apt-get update && apt-get upgrade</blockquote>

=== 1. iBDF-Server: Laufende Services und Ort der docker-compose.yml ===
Alle Services laufen im /opt/-Ordner.

Alle bisher erstellten Backups befinden sich im /opt/backups/-Ordner

Alle bisher erstellen Datenbank dumps liegen in /op/database-dumps/-Ordner

# Redmine (/opt/redmine_prod/)
# Drupal (/opt/drupal/)
# Wekan (/opt/wekan-mongodb/)
# OnlyOffice (/opt/Docker-CommunityServer/)
# Bluespice (/opt/bluespice/)
# APProVe Marburg (/opt/proskive/)
# LimeSurvey Productive (/opt/limesurvey-prod/)
# LimeSurvey Test (/opt/docker-limesurvey/)
# Kimai (/opt/kimai/)

==== Backups der einzelnen Docker Dienste ====
Für jeden laufenden Docker-Service muss die Datenbank und die persistierten Volumes gesichert werden und über einen cronjob automatisiert sein. Dazu muss zu jeden Service ein Script bereitgestellt werden, dass via <blockquote>crontab -e </blockquote>automatisert werden kann.

===== Übersicht bereits automatisierten Backups =====
Die einzelnen Services werden mittels Volumes auf der Festplatte persistiert.

Es gibt mehrere Möglichkeiten für ein Backup:

# Da die Volumes auf der Festplatte persistiert werden (mitsam des Datenbank-Services) können die Volumes gesichert werden.
# Für eine erhöhte Sicherheit, oder falls es zu Datenbank-Upgrades kommt, sollte die jeweilige Datenbank über ein dump zusätzlich gesichert werden.

{| class="wikitable"
|+
!Service
!Location Backup Script
!Location Database Backup
!Location Volume Backup
!Cronjob
|-
|Redmine
|/opt/redmine_prod/backup.sh
|/opt/database-dumps/redmine
|/opt/backup/redmine
|0 0 * * 7 /bin/bash -c "/opt/redmine_prod/backup.sh" >> /opt/redmine_prod/cronjob.log 2>&1
|-
|OnlyOffice
| -
| -
|/opt/backup/OnlyOffice
| -
|-
|Wekan
| -
| -
|/opt/backup/wekan
| -
|-
|LimeSurvey
| -
| -
|/opt/backup/limesurvey
| -
|-
|Bluespice
| -
| -
|/opt/backup/bluespice
| -
|-
|Kimai
| -
| -
| -
| -
|-
|APProve Marburg
| -
| -
| -
| -
|}

===== Zusätzliche Anleitungen =====

====== Redmine ======
Über die readme.txt im Ordner /opt/redmine_prod können weitere Informationen eingeholt werden zum Image.

'''Plugins'''

Um Plugins in Docker installieren zu können, muss ein eigenes Image gebaut werden, in dem die Plugins vorinstalliert sind. Das zugehörige Dockerfile ist im gleichen Ordner und kann über <blockquote>docker-compose build</blockquote>erstellt werden. Wenn ein neues Plugin hinzugefügt werden soll, muss es über den COPY-Befehl eingebunden werden.

=== 1. GBA-Server: Laufende Services und Ort der docker-compose.yml ===

==== GBA-Bridgehead ====
Ort: /srv/gba/BlazeStoreETL

Befüllt den lokalen Blaze Store über eine ETL mit Daten aus CentraXX

Bei Problemen oder ausfällen:

Zuerst versuchen, ob das Problem mittels neustart der Container behoben werden kann.<blockquote>docker-compose down && docker-compose up -d && docker-compose logs -f</blockquote>Falls das Problem weiterhin besteht (fehlerhafte Dateien in Blaze) versuchen die Datenbank neu zu befüllen.<blockquote>bash BlazeStoreETL.sh</blockquote>Dadurch wird das Volume von Blaze gelöscht und neu befüllt. Das Skript zieht automatisch Daten aus CentraXX, konvertiert diese in FHIR-Dateien und befüllt den lokalen Blaze Store.

=== 3. Demo-APProVe: Laufende Services und Ort der docker-compose.yml ===
Ort: /opt/proskive/simpleDeploy/Demo-Deployment-Files<blockquote>docker-compose down && docker-compose up -d && docker-compose logs -f</blockquote>

Serveradministration

2022-09-30T14:16:18Z

WikiSysop:

=== Serveradministration ===
Die folgenden Server sind über Hetzner zu erreichen (https://console.hetzner.cloud/projects/313256/servers):

# APProVe-Produktiv 135.181.145.86
# iBDF-Server 49.12.108.4
# proskive 88.99.122.71
Nachfolgend die Server im Intranet:

# GBA-Server diz-gba.intra.kgu.de
# DKTK-Server 172.16.100.73
# Demo APProVe 141.2.205.169

Für eine Übersicht der laufenden Dienste klicken Sie bitte [[Serverübersicht|hier (Serverübersicht)]].

==== Wartung ====
Pakete updaten:<blockquote>apt-get update && apt-get upgrade</blockquote>

=== 1. iBDF-Server: Laufende Services und Ort der docker-compose.yml ===
Alle Services laufen im /opt/-Ordner.

Alle bisher erstellten Backups befinden sich im /opt/backups/-Ordner

Alle bisher erstellen Datenbank dumps liegen in /op/database-dumps/-Ordner

# Redmine (/opt/redmine_prod/)
# Drupal (/opt/drupal/)
# Wekan (/opt/wekan-mongodb/)
# OnlyOffice (/opt/Docker-CommunityServer/)
# Bluespice (/opt/bluespice/)
# APProVe Marburg (/opt/proskive/)
# LimeSurvey Productive (/opt/limesurvey-prod/)
# LimeSurvey Test (/opt/docker-limesurvey/)
# Kimai (/opt/kimai/)

==== Backups der einzelnen Docker Dienste ====
Für jeden laufenden Docker-Service muss die Datenbank und die persistierten Volumes gesichert werden und über einen cronjob automatisiert sein. Dazu muss zu jeden Service ein Script bereitgestellt werden, dass via <blockquote>crontab -e </blockquote>automatisert werden kann.

===== Übersicht bereits automatisierten Backups =====
Die einzelnen Services werden mittels Volumes auf der Festplatte persistiert.

Es gibt mehrere Möglichkeiten für ein Backup:

# Da die Volumes auf der Festplatte persistiert werden (mitsam des Datenbank-Services) können die Volumes gesichert werden.
# Für eine erhöhte Sicherheit, oder falls es zu Datenbank-Upgrades kommt, sollte die jeweilige Datenbank über ein dump zusätzlich gesichert werden.

{| class="wikitable"
|+
!Service
!Location Backup Script
!Location Database Backup
!Location Volume Backup
!Cronjob
|-
|Redmine
|/opt/redmine_prod/backup.sh
|/opt/database-dumps/redmine
|/opt/backup/redmine
|0 0 * * 7 /bin/bash -c "/opt/redmine_prod/backup.sh" >> /opt/redmine_prod/cronjob.log 2>&1
|-
|OnlyOffice
| -
| -
|/opt/backup/OnlyOffice
| -
|-
|Wekan
| -
| -
|/opt/backup/wekan
| -
|-
|LimeSurvey
| -
| -
|/opt/backup/limesurvey
| -
|-
|Bluespice
| -
| -
|/opt/backup/bluespice
| -
|-
|Kimai
| -
| -
| -
| -
|-
|APProve Marburg
| -
| -
| -
| -
|}

===== Zusätzliche Anleitungen =====

====== Redmine ======
Über die readme.txt im Ordner /opt/redmine_prod können weitere Informationen eingeholt werden zum Image.

'''Plugins'''

Um Plugins in Docker installieren zu können, muss ein eigenes Image gebaut werden, in dem die Plugins vorinstalliert sind. Das zugehörige Dockerfile ist im gleichen Ordner und kann über <blockquote>docker-compose build</blockquote>erstellt werden. Wenn ein neues Plugin hinzugefügt werden soll, muss es über den COPY-Befehl eingebunden werden.

=== 1. GBA-Server: Laufende Services und Ort der docker-compose.yml ===

==== GBA-Bridgehead ====
Ort: /srv/gba/BlazeStoreETL

Befüllt den lokalen Blaze Store über eine ETL mit Daten aus CentraXX

Bei Problemen oder ausfällen:

Zuerst versuchen, ob das Problem mittels neustart der Container behoben werden kann.<blockquote>docker-compose down && docker-compose up -d && docker-compose logs -f</blockquote>Falls das Problem weiterhin besteht (fehlerhafte Dateien in Blaze) versuchen die Datenbank neu zu befüllen.<blockquote>bash BlazeStoreETL.sh</blockquote>Dadurch wird das Volume von Blaze gelöscht und neu befüllt. Das Skript zieht automatisch Daten aus CentraXX, konvertiert diese in FHIR-Dateien und befüllt den lokalen Blaze Store.

=== 3. GBA-Server: Laufende Services und Ort der docker-compose.yml ===

Serveradministration

2022-09-30T14:04:30Z

WikiSysop:

Serveradministration

2022-09-30T14:02:46Z

WikiSysop:

=== Serveradministration ===
Die folgenden Server sind über Hetzner zu erreichen (https://console.hetzner.cloud/projects/313256/servers):

# APProVe-Produktiv 135.181.145.86
# iBDF-Server 49.12.108.4
# proskive 88.99.122.71
Nachfolgend die Server im Intranet:

# GBA-Server diz-gba.intra.kgu.de
# DKTK-Server 172.16.100.73
# Demo APProVe 141.2.205.169

Für eine Übersicht der laufenden Dienste klicken Sie bitte [[Serverübersicht|hier (Serverübersicht)]].

==== Wartung ====
Pakete updaten:<blockquote>apt-get update && apt-get upgrade</blockquote>

=== 1. iBDF-Server: Laufende Services und Ort der docker-compose.yml ===
Alle Services laufen im /opt/-Ordner.

Alle bisher erstellten Backups befinden sich im /opt/backups/-Ordner

Alle bisher erstellen Datenbank dumps liegen in /op/database-dumps/-Ordner

# Redmine (/opt/redmine_prod/)
# Drupal (/opt/drupal/)
# Wekan (/opt/wekan-mongodb/)
# OnlyOffice (/opt/Docker-CommunityServer/)
# Bluespice (/opt/bluespice/)
# APProVe Marburg (/opt/proskive/)
# LimeSurvey Productive (/opt/limesurvey-prod/)
# LimeSurvey Test (/opt/docker-limesurvey/)
# Kimai (/opt/kimai/)

==== Backups der einzelnen Docker Dienste ====
Für jeden laufenden Docker-Service muss die Datenbank und die persistierten Volumes gesichert werden und über einen cronjob automatisiert sein. Dazu muss zu jeden Service ein Script bereitgestellt werden, dass via <blockquote>crontab -e </blockquote>automatisert werden kann.

===== Übersicht bereits automatisierten Backups =====
Die einzelnen Services werden mittels Volumes auf der Festplatte persistiert.

Es gibt mehrere Möglichkeiten für ein Backup:

# Da die Volumes auf der Festplatte persistiert werden (mitsam des Datenbank-Services) können die Volumes gesichert werden.
# Für eine erhöhte Sicherheit, oder falls es zu Datenbank-Upgrades kommt, sollte die jeweilige Datenbank über ein dump zusätzlich gesichert werden.

{| class="wikitable"
|+
!Service
!Location Backup Script
!Location Database Backup
!Location Volume Backup
!Cronjob
|-
|Redmine
|/opt/redmine_prod/backup.sh
|/opt/database-dumps/redmine
|/opt/backup/redmine
|0 0 * * 7 /bin/bash -c "/opt/redmine_prod/backup.sh" >> /opt/redmine_prod/cronjob.log 2>&1
|-
|OnlyOffice
| -
| -
|/opt/backup/OnlyOffice
| -
|-
|Wekan
| -
| -
|/opt/backup/wekan
| -
|-
|LimeSurvey
| -
| -
|/opt/backup/limesurvey
| -
|-
|Bluespice
| -
| -
|/opt/backup/bluespice
| -
|-
|Kimai
| -
| -
| -
| -
|-
|APProve Marburg
| -
| -
| -
| -
|}

===== Zusätzliche Anleitungen =====

====== Redmine ======
Über die readme.txt im Ordner /opt/redmine_prod können weitere Informationen eingeholt werden zum Image.

'''Plugins'''

Um Plugins in Docker installieren zu können, muss ein eigenes Image gebaut werden, in dem die Plugins vorinstalliert sind. Das zugehörige Dockerfile ist im gleichen Ordner und kann über <blockquote>docker-compose build</blockquote>erstellt werden. Wenn ein neues Plugin hinzugefügt werden soll, muss es über den COPY-Befehl eingebunden werden.

=== 1. GBA-Server: Laufende Services und Ort der docker-compose.yml ===
Ort: /srv/gba/BlazeStoreETL

Befüllt den lokalen Blaze Store über eine ETL mit Daten aus CentraXX

Bei Problemen oder ausfällen:

Zuerst versuchen, ob das Problem mittels neustart der Container behoben werden kann.<blockquote>docker-compose down && docker-compose up -d && docker-compose logs -f</blockquote>Falls das Problem weiterhin besteht (fehlerhafte Dateien in Blaze) versuchen die Datenbank neu zu befüllen.<blockquote>bash BlazeStoreETL.sh</blockquote>Dadurch wird das Volume von Blaze gelöscht und neu befüllt. Das Skript zieht automatisch Daten aus CentraXX, konvertiert diese in FHIR-Dateien und befüllt den lokalen Blaze Store.

Serveradministration

2022-09-30T13:58:10Z

WikiSysop:

=== Serveradministration ===
Die folgenden Server sind über Hetzner zu erreichen (https://console.hetzner.cloud/projects/313256/servers):

# APProVe-Produktiv 135.181.145.86
# iBDF-Server 49.12.108.4
# proskive 88.99.122.71
Nachfolgend die Server im Intranet:

# GBA-Server diz-gba.intra.kgu.de
# DKTK-Server 172.16.100.73
# Demo APProVe 141.2.205.169

Für eine Übersicht der laufenden Dienste klicken Sie bitte [[Serverübersicht|hier (Serverübersicht)]].

==== Wartung ====
Pakete updaten:<blockquote>apt-get update && apt-get upgrade</blockquote>

=== 1. iBDF-Server: Laufende Services und Ort der docker-compose.yml ===
Alle Services laufen im /opt/-Ordner.

Alle bisher erstellten Backups befinden sich im /opt/backups/-Ordner

Alle bisher erstellen Datenbank dumps liegen in /op/database-dumps/-Ordner

# Redmine (/opt/redmine_prod/)
# Drupal (/opt/drupal/)
# Wekan (/opt/wekan-mongodb/)
# OnlyOffice (/opt/Docker-CommunityServer/)
# Bluespice (/opt/bluespice/)
# APProVe Marburg (/opt/proskive/)
# LimeSurvey Productive (/opt/limesurvey-prod/)
# LimeSurvey Test (/opt/docker-limesurvey/)
# Kimai (/opt/kimai/)

==== Backups der einzelnen Docker Dienste ====
Für jeden laufenden Docker-Service muss die Datenbank und die persistierten Volumes gesichert werden und über einen cronjob automatisiert sein. Dazu muss zu jeden Service ein Script bereitgestellt werden, dass via <blockquote>crontab -e </blockquote>automatisert werden kann.

===== Übersicht bereits automatisierten Backups =====
Die einzelnen Services werden mittels Volumes auf der Festplatte persistiert.

Es gibt mehrere Möglichkeiten für ein Backup:

# Da die Volumes auf der Festplatte persistiert werden (mitsam des Datenbank-Services) können die Volumes gesichert werden.
# Für eine erhöhte Sicherheit, oder falls es zu Datenbank-Upgrades kommt, sollte die jeweilige Datenbank über ein dump zusätzlich gesichert werden.

{| class="wikitable"
|+
!Service
!Location Backup Script
!Location Database Backup
!Location Volume Backup
!Cronjob
|-
|Redmine
|/opt/redmine_prod/backup.sh
|/opt/database-dumps/redmine
|/opt/backup/redmine
|0 0 * * 7 /bin/bash -c "/opt/redmine_prod/backup.sh" >> /opt/redmine_prod/cronjob.log 2>&1
|-
|OnlyOffice
| -
| -
|/opt/backup/OnlyOffice
| -
|-
|Wekan
| -
| -
|/opt/backup/wekan
| -
|-
|LimeSurvey
| -
| -
|/opt/backup/limesurvey
| -
|-
|Bluespice
| -
| -
|/opt/backup/bluespice
| -
|-
|Kimai
| -
| -
| -
| -
|-
|APProve Marburg
| -
| -
| -
| -
|}

===== Zusätzliche Anleitungen =====

====== Redmine ======
Über die readme.txt im Ordner /opt/redmine_prod können weitere Informationen eingeholt werden zum Image.

'''Plugins'''

Um Plugins in Docker installieren zu können, muss ein eigenes Image gebaut werden, in dem die Plugins vorinstalliert sind. Das zugehörige Dockerfile ist im gleichen Ordner und kann über <blockquote>docker-compose build</blockquote>erstellt werden. Wenn ein neues Plugin hinzugefügt werden soll, muss es über den COPY-Befehl eingebunden werden.

=== 2. GBA-Server: Laufende Services und Ort der docker-compose.yml ===

Serveradministration

2022-09-30T13:53:47Z

WikiSysop:

=== Serveradministration ===
Die folgenden Server sind über Hetzner zu erreichen (https://console.hetzner.cloud/projects/313256/servers)

# APProVe-Produktiv 135.181.145.86
# iBDF-Server 49.12.108.4
# proskive 88.99.122.71

Für eine Übersicht der laufenden Dienste klicken Sie bitte [[Serverübersicht|hier (Serverübersicht)]].

==== Wartung ====
Pakete updaten:<blockquote>apt-get update && apt-get upgrade</blockquote>

=== 1. iBDF-Server: Laufende Services und Ort der docker-compose.yml ===
Alle Services laufen im /opt/-Ordner.

Alle bisher erstellten Backups befinden sich im /opt/backups/-Ordner

Alle bisher erstellen Datenbank dumps liegen in /op/database-dumps/-Ordner

# Redmine (/opt/redmine_prod/)
# Drupal (/opt/drupal/)
# Wekan (/opt/wekan-mongodb/)
# OnlyOffice (/opt/Docker-CommunityServer/)
# Bluespice (/opt/bluespice/)
# APProVe Marburg (/opt/proskive/)
# LimeSurvey Productive (/opt/limesurvey-prod/)
# LimeSurvey Test (/opt/docker-limesurvey/)
# Kimai (/opt/kimai/)

==== Backups der einzelnen Docker Dienste ====
Für jeden laufenden Docker-Service muss die Datenbank und die persistierten Volumes gesichert werden und über einen cronjob automatisiert sein. Dazu muss zu jeden Service ein Script bereitgestellt werden, dass via <blockquote>crontab -e </blockquote>automatisert werden kann.

===== Übersicht bereits automatisierten Backups =====
Die einzelnen Services werden mittels Volumes auf der Festplatte persistiert.

Es gibt mehrere Möglichkeiten für ein Backup:

# Da die Volumes auf der Festplatte persistiert werden (mitsam des Datenbank-Services) können die Volumes gesichert werden.
# Für eine erhöhte Sicherheit, oder falls es zu Datenbank-Upgrades kommt, sollte die jeweilige Datenbank über ein dump zusätzlich gesichert werden.

{| class="wikitable"
|+
!Service
!Location Backup Script
!Location Database Backup
!Location Volume Backup
!Cronjob
|-
|Redmine
|/opt/redmine_prod/backup.sh
|/opt/database-dumps/redmine
|/opt/backup/redmine
|0 0 * * 7 /bin/bash -c "/opt/redmine_prod/backup.sh" >> /opt/redmine_prod/cronjob.log 2>&1
|-
|OnlyOffice
| -
| -
|/opt/backup/OnlyOffice
| -
|-
|Wekan
| -
| -
|/opt/backup/wekan
| -
|-
|LimeSurvey
| -
| -
|/opt/backup/limesurvey
| -
|-
|Bluespice
| -
| -
|/opt/backup/bluespice
| -
|-
|Kimai
| -
| -
| -
| -
|-
|APProve Marburg
| -
| -
| -
| -
|}

===== Zusätzliche Anleitungen =====

====== Redmine ======
Über die readme.txt im Ordner /opt/redmine_prod können weitere Informationen eingeholt werden zum Image.

'''Plugins'''

Um Plugins in Docker installieren zu können, muss ein eigenes Image gebaut werden, in dem die Plugins vorinstalliert sind. Das zugehörige Dockerfile ist im gleichen Ordner und kann über <blockquote>docker-compose build</blockquote>erstellt werden. Wenn ein neues Plugin hinzugefügt werden soll, muss es über den COPY-Befehl eingebunden werden.

=== 2. GBA-Server: Laufende Services und Ort der docker-compose.yml ===

Serveradministration

2022-09-30T13:53:15Z

WikiSysop:

CentraXX - Eigene Tools

2022-09-30T12:48:12Z

WikiSysop:

CentraXX - Eigene Tools

2022-09-30T12:47:55Z

WikiSysop:

# Tools für CentraXX

Im Folgenden werden die selbst-erarbeiteten Tools für CentraXX vorghestellt und erläutert, wie diese zu bedienen sind.

=== CentraXX-Excel-Filler aka Annotation der PID an Patientenliste ===
'''ORT:''' U:\Projekte\Centraxx\centraxx_excel_filler

Bei diesem Tool handelt es sich um eine Annotation einer vorhandenen Excel Liste.

Falls Sie eine Excel-Liste mit Patienten haben, versucht dieses Tool alle ID's der Patient:innen zu suchen.

Benötigt werden die folgenden drei Felder mit je einer Spalte:

# Vorname
# Nachname
# Geburtsdatum
# Name der xlsx-Datei

Die folgenden Dateien werden dazu benötigt:

# centraxx_excel_filler.properties
# centraxx-excel-filler-fat-1.0-SNAPSHOT.jar
# Eine '''xlsx'''-Datei die annotiert werden soll (KEINE XLS DATEI!)

==== Anleitung ====

===== Befüllen der .properties Datei =====

{| class="wikitable"
|+
!Variablenname
!Beschreibung
|-
|excel.path
|Dateiname mit Dateiendung (zB Biobank.xlsx)
|-
|mapping.first-name
|Spaltenname in dem der Vorname steht (zB Patientenvorname)
|-
|mapping.last-name
|Spaltenname in dem der Nachname steht (zB Patientennachname)
|-
|mapping.birthday
|Spaltenname des Geburtsdatums (Tagesaktuell)
|-
|database.url
|Url der Datenbank (in unserem Fall für Produtiv): swamepbbdb1.intra.kgu.de:1433
|}

===== Ausführen der .jar-Datei =====
Klicken Sie zum ausführen der .jar-Datei in das Adressfeld und markieren Sie den kompletten Pfad.

[[Datei:Anleitung cmd-Befehlt in Ordner.png|mini|631x631px|Markieren des Pfades|alternativtext=|zentriert]]Anstelle des Pfades können Sie nun <blockquote>cmd</blockquote>einfügen.

[[Datei:cmd.png|mini|467x467px|alternativtext=|zentriert]]

Anschließend öffnet sich die Kommandozeile im aktuellen Ordner.

[[Datei:Centraxx-excell-filler run jar.png|mini|591x591px|alternativtext=|zentriert]]

Führen Sie diesen Befehl aus, nachdem Sie die .properties-Datei befüllt haben.

<blockquote>java -jar centraxx-excel-filler-fat-1.0-SNAPSHOT.jar --database-user <USERNAME> --database-password <PASSWORD></blockquote>Für <USERNAME> und <PASSWORD> tragen Sie bitte die entsprechenden Daten ein.

Nachdem das Skript durchgelaufen ist, sollte im gleichen Ordner eine neue Datei erstellt worden sein, mit den annotierten Daten.

=== Proben umhängen ===
TODO

CentraXX - Eigene Tools

2022-09-30T12:24:58Z

WikiSysop:

# Tools für CentraXX

Im Folgenden werden die selbst-erarbeiteten Tools für CentraXX vorghestellt und erläutert, wie diese zu bedienen sind.

=== CentraXX-Excel-Filler aka Annotation der PID an Patientenliste ===
'''ORT:''' U:\Projekte\Centraxx\centraxx_excel_filler

Bei diesem Tool handelt es sich um eine Annotation einer vorhandenen Excel Liste.

Falls Sie eine Excel-Liste mit Patienten haben, versucht dieses Tool alle ID's der Patient:innen zu suchen.

Benötigt werden die folgenden drei Felder mit je einer Spalte:

# Vorname
# Nachname
# Geburtsdatum
# Name der xlsx-Datei

Die folgenden Dateien werden dazu benötigt:

# centraxx_excel_filler.properties
# centraxx-excel-filler-fat-1.0-SNAPSHOT.jar
# Eine '''xlsx'''-Datei die annotiert werden soll (KEINE XLS DATEI!)

==== Anleitung ====

===== Befüllen der .properties Datei =====

{| class="wikitable"
|+
!Variablenname
!Beschreibung
|-
|excel.path
|Dateiname mit Dateiendung (zB Biobank.xlsx)
|-
|mapping.first-name
|Spaltenname in dem der Vorname steht (zB Patientenvorname)
|-
|mapping.last-name
|Spaltenname in dem der Nachname steht (zB Patientennachname)
|-
|mapping.birthday
|Spaltenname des Geburtsdatums (Tagesaktuell)
|-
|database.url
|Url der Datenbank (in unserem Fall für Produtiv): swamepbbdb1.intra.kgu.de:1433
|}

===== Ausführen der .jar-Datei =====
Klicken Sie zum ausführen der .jar-Datei in das Adressfeld und markieren Sie den kompletten Pfad.

[[Datei:Anleitung cmd-Befehlt in Ordner.png|links|mini|631x631px|Markieren des Pfades]]Anstelle des Pfades können Sie nun <blockquote>cmd</blockquote>einfügen.

[[Datei:cmd.png|mini|467x467px|alternativtext=|links]]

Anschließend öffnet sich die Kommandozeile im aktuellen Ordner.

[[Datei:Centraxx-excell-filler run jar.png|links|mini|591x591px]]

Führen Sie diesen Befehl aus, nachdem Sie die .properties-Datei befüllt haben.

<blockquote>java -jar centraxx-excel-filler-fat-1.0-SNAPSHOT.jar --database-user <USERNAME> --database-password <PASSWORD></blockquote>Für <USERNAME> und <PASSWORD> tragen Sie bitte die entsprechenden Daten ein.

Nachdem das Skript durchgelaufen ist, sollte im gleichen Ordner eine neue Datei erstellt worden sein, mit den annotierten Daten.

=== Proben umhängen ===
TODO

CentraXX - Eigene Tools

2022-09-30T12:05:50Z

WikiSysop: /* Proben umhängen */

# Tools für CentraXX

Im Folgenden werden die selbst-erarbeiteten Tools für CentraXX vorghestellt und erläutert, wie diese zu bedienen sind.

=== CentraXX-Excel-Filler aka Annotation der PID an Patientenliste ===
'''ORT:''' U:\Projekte\Centraxx\centraxx_excel_filler

Bei diesem Tool handelt es sich um eine Annotation einer vorhandenen Excel Liste.

Falls Sie eine Excel-Liste mit Patienten haben, versucht dieses Tool alle ID's der Patient:innen zu suchen.

Benötigt werden die folgenden drei Felder mit je einer Spalte:

# Vorname
# Nachname
# Geburtsdatum
# Name der xlsx-Datei

Die folgenden Dateien werden dazu benötigt:

# centraxx_excel_filler.properties
# centraxx-excel-filler-fat-1.0-SNAPSHOT.jar
# Eine '''xlsx'''-Datei die annotiert werden soll (KEINE XLS DATEI!)

==== Anleitung ====

===== Befüllen der .properties Datei =====

{| class="wikitable"
|+
!Variablenname
!Beschreibung
|-
|excel.path
|Dateiname mit Dateiendung (zB Biobank.xlsx)
|-
|mapping.first-name
|Spaltenname in dem der Vorname steht (zB Patientenvorname)
|-
|mapping.last-name
|Spaltenname in dem der Nachname steht (zB Patientennachname)
|-
|mapping.birthday
|Spaltenname des Geburtsdatums (Tagesaktuell)
|-
|database.url
|Url der Datenbank (in unserem Fall für Produtiv): swamepbbdb1.intra.kgu.de:1433
|}

===== Ausführen der .jar-Datei =====
Klicken Sie zum ausführen der .jar-Datei in das Adressfeld und markieren Sie den kompletten Pfad.

[[Datei:Anleitung cmd-Befehlt in Ordner.png|links|mini|631x631px|Markieren des Pfades]]Anstelle des Pfades können Sie nun <blockquote>cmd</blockquote>einfügen.

[[Datei:cmd.png|mini|467x467px|alternativtext=|links]]

Anschließend öffnet sich die Kommandozeile im aktuellen Ordner.

[[Datei:Centraxx-excell-filler run jar.png|links|mini|591x591px]]

Führen Sie diesen Befehl aus, nachdem Sie die .properties-Datei befüllt haben.

<blockquote>java -jar centraxx-excel-filler-fat-1.0-SNAPSHOT.jar --database-user <USERNAME> --database-password <PASSWORD></blockquote>Für <USERNAME> und <PASSWORD> tragen Sie bitte die entsprechenden Daten ein.

Nachdem das Skript durchgelaufen ist, sollte im gleichen Ordner eine neue Datei erstellt worden sein, mit den annotierten Daten.

=== Proben umhängen ===
TODO

CentraXX - Eigene Tools

2022-09-30T12:05:41Z

WikiSysop:

# Tools für CentraXX

Im Folgenden werden die selbst-erarbeiteten Tools für CentraXX vorghestellt und erläutert, wie diese zu bedienen sind.

=== CentraXX-Excel-Filler aka Annotation der PID an Patientenliste ===
'''ORT:''' U:\Projekte\Centraxx\centraxx_excel_filler

Bei diesem Tool handelt es sich um eine Annotation einer vorhandenen Excel Liste.

Falls Sie eine Excel-Liste mit Patienten haben, versucht dieses Tool alle ID's der Patient:innen zu suchen.

Benötigt werden die folgenden drei Felder mit je einer Spalte:

# Vorname
# Nachname
# Geburtsdatum
# Name der xlsx-Datei

Die folgenden Dateien werden dazu benötigt:

# centraxx_excel_filler.properties
# centraxx-excel-filler-fat-1.0-SNAPSHOT.jar
# Eine '''xlsx'''-Datei die annotiert werden soll (KEINE XLS DATEI!)

==== Anleitung ====

===== Befüllen der .properties Datei =====

{| class="wikitable"
|+
!Variablenname
!Beschreibung
|-
|excel.path
|Dateiname mit Dateiendung (zB Biobank.xlsx)
|-
|mapping.first-name
|Spaltenname in dem der Vorname steht (zB Patientenvorname)
|-
|mapping.last-name
|Spaltenname in dem der Nachname steht (zB Patientennachname)
|-
|mapping.birthday
|Spaltenname des Geburtsdatums (Tagesaktuell)
|-
|database.url
|Url der Datenbank (in unserem Fall für Produtiv): swamepbbdb1.intra.kgu.de:1433
|}

===== Ausführen der .jar-Datei =====
Klicken Sie zum ausführen der .jar-Datei in das Adressfeld und markieren Sie den kompletten Pfad.

[[Datei:Anleitung cmd-Befehlt in Ordner.png|links|mini|631x631px|Markieren des Pfades]]Anstelle des Pfades können Sie nun <blockquote>cmd</blockquote>einfügen.

[[Datei:cmd.png|mini|467x467px|alternativtext=|links]]

Anschließend öffnet sich die Kommandozeile im aktuellen Ordner.

[[Datei:Centraxx-excell-filler run jar.png|links|mini|591x591px]]

Führen Sie diesen Befehl aus, nachdem Sie die .properties-Datei befüllt haben.

<blockquote>java -jar centraxx-excel-filler-fat-1.0-SNAPSHOT.jar --database-user <USERNAME> --database-password <PASSWORD></blockquote>Für <USERNAME> und <PASSWORD> tragen Sie bitte die entsprechenden Daten ein.

Nachdem das Skript durchgelaufen ist, sollte im gleichen Ordner eine neue Datei erstellt worden sein, mit den annotierten Daten.

=== Proben umhängen ===
TODO

CentraXX - Eigene Tools

2022-09-30T12:05:31Z

WikiSysop:

# Tools für CentraXX

Im Folgenden werden die selbst-erarbeiteten Tools für CentraXX vorghestellt und erläutert, wie diese zu bedienen sind.

=== CentraXX-Excel-Filler aka Annotation der PID an Patientenliste ===
'''ORT:''' U:\Projekte\Centraxx\centraxx_excel_filler

Bei diesem Tool handelt es sich um eine Annotation einer vorhandenen Excel Liste.

Falls Sie eine Excel-Liste mit Patienten haben, versucht dieses Tool alle ID's der Patient:innen zu suchen.

Benötigt werden die folgenden drei Felder mit je einer Spalte:

# Vorname
# Nachname
# Geburtsdatum
# Name der xlsx-Datei

Die folgenden Dateien werden dazu benötigt:

# centraxx_excel_filler.properties
# centraxx-excel-filler-fat-1.0-SNAPSHOT.jar
# Eine '''xlsx'''-Datei die annotiert werden soll (KEINE XLS DATEI!)

==== Anleitung ====

===== Befüllen der .properties Datei =====

{| class="wikitable"
|+
!Variablenname
!Beschreibung
|-
|excel.path
|Dateiname mit Dateiendung (zB Biobank.xlsx)
|-
|mapping.first-name
|Spaltenname in dem der Vorname steht (zB Patientenvorname)
|-
|mapping.last-name
|Spaltenname in dem der Nachname steht (zB Patientennachname)
|-
|mapping.birthday
|Spaltenname des Geburtsdatums (Tagesaktuell)
|-
|database.url
|Url der Datenbank (in unserem Fall für Produtiv): swamepbbdb1.intra.kgu.de:1433
|}

===== Ausführen der .jar-Datei =====
Klicken Sie zum ausführen der .jar-Datei in das Adressfeld und markieren Sie den kompletten Pfad.

[[Datei:Anleitung cmd-Befehlt in Ordner.png|links|mini|631x631px|Markieren des Pfades]]Anstelle des Pfades können Sie nun <blockquote>cmd</blockquote>einfügen.

[[Datei:cmd.png|mini|467x467px|alternativtext=|links]]

Anschließend öffnet sich die Kommandozeile im aktuellen Ordner.

[[Datei:Centraxx-excell-filler run jar.png|links|mini|591x591px]]

Führen Sie diesen Befehl aus, nachdem Sie die .properties-Datei befüllt haben.

<blockquote>java -jar centraxx-excel-filler-fat-1.0-SNAPSHOT.jar --database-user <USERNAME> --database-password <PASSWORD></blockquote>Für <USERNAME> und <PASSWORD> tragen Sie bitte die entsprechenden Daten ein.

Nachdem das Skript durchgelaufen ist, sollte im gleichen Ordner eine neue Datei erstellt worden sein, mit den annotierten Daten.

=== Proben umhängen ===
TODO

CentraXX - Eigene Tools

2022-09-30T12:02:39Z

WikiSysop:

# Tools für CentraXX

Im Folgenden werden die selbst-erarbeiteten Tools für CentraXX vorghestellt und erläutert, wie diese zu bedienen sind.

=== CentraXX-Excel-Filler aka Annotation der PID an Patientenliste ===
'''ORT:''' U:\Projekte\Centraxx\centraxx_excel_filler

Bei diesem Tool handelt es sich um eine Annotation einer vorhandenen Excel Liste.

Falls Sie eine Excel-Liste mit Patienten haben, versucht dieses Tool alle ID's der Patient:innen zu suchen.

Benötigt werden die folgenden drei Felder mit je einer Spalte:

# Vorname
# Nachname
# Geburtsdatum
# Name der xlsx-Datei

Die folgenden Dateien werden dazu benötigt:

# centraxx_excel_filler.properties
# centraxx-excel-filler-fat-1.0-SNAPSHOT.jar
# Eine '''xlsx'''-Datei die annotiert werden soll (KEINE XLS DATEI!)

==== Anleitung ====

===== Befüllen der .properties Datei =====

{| class="wikitable"
|+
!Variablenname
!Beschreibung
|-
|excel.path
|Dateiname mit Dateiendung (zB Biobank.xlsx)
|-
|mapping.first-name
|Spaltenname in dem der Vorname steht (zB Patientenvorname)
|-
|mapping.last-name
|Spaltenname in dem der Nachname steht (zB Patientennachname)
|-
|mapping.birthday
|Spaltenname des Geburtsdatums (Tagesaktuell)
|-
|database.url
|Url der Datenbank (in unserem Fall für Produtiv): swamepbbdb1.intra.kgu.de:1433
|}

===== Ausführen der .jar-Datei =====
Klicken Sie zum ausführen der .jar-Datei in das Adressfeld und markieren Sie den kompletten Pfad.

[[Datei:Anleitung cmd-Befehlt in Ordner.png|links|mini|631x631px|Markieren des Pfades]]Anstelle des Pfades können Sie nun <blockquote>cmd</blockquote>einfügen.

[[Datei:cmd.png|mini|467x467px|alternativtext=|links]]

Anschließend öffnet sich die Kommandozeile im aktuellen Ordner.

[[Datei:Centraxx-excell-filler run jar.png|links|mini|591x591px]]

Führen Sie diesen Befehl aus, nachdem Sie die .properties-Datei befüllt haben.

<blockquote>java -jar centraxx-excel-filler-fat-1.0-SNAPSHOT.jar --database-user <USERNAME> --database-password <PASSWORD></blockquote>Für <USERNAME> und <PASSWORD> tragen Sie bitte die entsprechenden Daten ein.

Nachdem das Skript durchgelaufen ist, sollte im gleichen Ordner eine neue Datei erstellt worden sein, mit den annotierten Daten.

CentraXX - Eigene Tools

2022-09-30T12:01:55Z

WikiSysop:

# Tools für CentraXX

Im Folgenden werden die selbst-erarbeiteten Tools für CentraXX vorghestellt und erläutert, wie diese zu bedienen sind.

=== CentraXX-Excel-Filler aka Annotation der PID an Patientenliste ===
'''ORT:''' U:\Projekte\Centraxx\centraxx_excel_filler

Bei diesem Tool handelt es sich um eine Annotation einer vorhandenen Excel Liste.

Falls Sie eine Excel-Liste mit Patienten haben, versucht dieses Tool alle ID's der Patient:innen zu suchen.

Benötigt werden die folgenden drei Felder mit je einer Spalte:

# Vorname
# Nachname
# Geburtsdatum
# Name der xlsx-Datei

Die folgenden Dateien werden dazu benötigt:

# centraxx_excel_filler.properties
# centraxx-excel-filler-fat-1.0-SNAPSHOT.jar
# Eine '''xlsx'''-Datei die annotiert werden soll (KEINE XLS DATEI!)

==== Anleitung ====

===== Befüllen der .properties Datei =====

{| class="wikitable"
|+
!Variablenname
!Beschreibung
|-
|excel.path
|Dateiname mit Dateiendung (zB Biobank.xlsx)
|-
|mapping.first-name
|Spaltenname in dem der Vorname steht (zB Patientenvorname)
|-
|mapping.last-name
|Spaltenname in dem der Nachname steht (zB Patientennachname)
|-
|mapping.birthday
|Spaltenname des Geburtsdatums (Tagesaktuell)
|-
|database.url
|Url der Datenbank (in unserem Fall für Produtiv): swamepbbdb1.intra.kgu.de:1433
|}

===== Ausführen der .jar-Datei =====
Klicken Sie zum ausführen der .jar-Datei in das Adressfeld und markieren Sie den kompletten Pfad.

[[Datei:Anleitung cmd-Befehlt in Ordner.png|links|mini|631x631px|Markieren des Pfades]]Anstelle des Pfades können Sie nun <blockquote>cmd</blockquote>einfügen.

[[Datei:cmd.png|mini|467x467px]]
Anschließend öffnet sich die Kommandozeile im aktuellen Ordner.

[[Datei:Centraxx-excell-filler run jar.png|links|mini|591x591px]]
Führen Sie diesen Befehl aus, nachdem Sie die .properties-Datei befüllt haben.

<blockquote>java -jar centraxx-excel-filler-fat-1.0-SNAPSHOT.jar --database-user <USERNAME> --database-password <PASSWORD></blockquote>Für <USERNAME> und <PASSWORD> tragen Sie bitte die entsprechenden Daten ein.

Nachdem das Skript durchgelaufen ist, sollte im gleichen Ordner eine neue Datei erstellt worden sein, mit den annotierten Daten.

CentraXX - Eigene Tools

2022-09-30T12:01:37Z

WikiSysop:

# Tools für CentraXX

Im Folgenden werden die selbst-erarbeiteten Tools für CentraXX vorghestellt und erläutert, wie diese zu bedienen sind.

=== CentraXX-Excel-Filler aka Annotation der PID an Patientenliste ===
'''ORT:''' U:\Projekte\Centraxx\centraxx_excel_filler

Bei diesem Tool handelt es sich um eine Annotation einer vorhandenen Excel Liste.

Falls Sie eine Excel-Liste mit Patienten haben, versucht dieses Tool alle ID's der Patient:innen zu suchen.

Benötigt werden die folgenden drei Felder mit je einer Spalte:

# Vorname
# Nachname
# Geburtsdatum
# Name der xlsx-Datei

Die folgenden Dateien werden dazu benötigt:

# centraxx_excel_filler.properties
# centraxx-excel-filler-fat-1.0-SNAPSHOT.jar
# Eine '''xlsx'''-Datei die annotiert werden soll (KEINE XLS DATEI!)

==== Anleitung ====

===== Befüllen der .properties Datei =====

{| class="wikitable"
|+
!Variablenname
!Beschreibung
|-
|excel.path
|Dateiname mit Dateiendung (zB Biobank.xlsx)
|-
|mapping.first-name
|Spaltenname in dem der Vorname steht (zB Patientenvorname)
|-
|mapping.last-name
|Spaltenname in dem der Nachname steht (zB Patientennachname)
|-
|mapping.birthday
|Spaltenname des Geburtsdatums (Tagesaktuell)
|-
|database.url
|Url der Datenbank (in unserem Fall für Produtiv): swamepbbdb1.intra.kgu.de:1433
|}

===== Ausführen der .jar-Datei =====
Klicken Sie zum ausführen der .jar-Datei in das Adressfeld und markieren Sie den kompletten Pfad.

[[Datei:Anleitung cmd-Befehlt in Ordner.png|links|mini|631x631px|Markieren des Pfades]]Anstelle des Pfades können Sie nun <blockquote>cmd</blockquote>einfügen.

[[Datei:cmd.png|mini|467x467px]]
Anschließend öffnet sich die Kommandozeile im aktuellen Ordner.

[[Datei:Centraxx-excell-filler run jar.png|links|mini|591x591px]]
Führen Sie diesen Befehl aus, nachdem Sie die .properties-Datei befüllt haben.

<blockquote>java -jar centraxx-excel-filler-fat-1.0-SNAPSHOT.jar --database-user <USERNAME> --database-password <PASSWORD></blockquote>Für <USERNAME> und <PASSWORD> tragen Sie bitte die entsprechenden Daten ein.

Nachdem das Skript durchgelaufen ist, sollte im gleichen Ordner eine neue Datei erstellt worden sein, mit den annotierten Daten.

Datei:Centraxx-excell-filler run jar.png

2022-09-30T11:59:14Z

WikiSysop:

Starten des Skripts

Datei:cmd.png

2022-09-30T11:57:00Z

WikiSysop:

cmd im aktuellen Pfad ausführen.

CentraXX - Eigene Tools

2022-09-30T11:55:06Z

WikiSysop:

Datei:Anleitung cmd-Befehlt in Ordner.png

2022-09-30T11:53:51Z

WikiSysop:

Anleitung cmd-Befehlt in Ordner

CentraXX - Eigene Tools

2022-09-30T11:52:24Z

WikiSysop:

CentraXX - Eigene Tools

2022-09-30T11:51:57Z

WikiSysop:

CentraXX - Eigene Tools

2022-09-30T11:51:25Z

WikiSysop: Die Seite wurde neu angelegt: „# Tools für CentraXX Im Folgenden werden die selbst-erarbeiteten Tools für CentraXX vorghestellt und erläutert, wie diese zu bedienen sind. === CentraXX-E…“

# Tools für CentraXX

Im Folgenden werden die selbst-erarbeiteten Tools für CentraXX vorghestellt und erläutert, wie diese zu bedienen sind.

=== CentraXX-Excel-Filler aka Annotation der PID an Patientenliste ===
'''ORT: U:\Projekte\Centraxx\centraxx_excel_filler'''

Bei diesem Tool handelt es sich um eine Annotation einer vorhandenen Excel Liste.

Falls Sie eine Excel-Liste mit Patienten haben, versucht dieses Tool alle ID's der Patient:innen zu suchen.

Benötigt werden die folgenden drei Felder mit je einer Spalte:

# Vorname
# Nachname
# Geburtsdatum
# Name der xlsx-Datei

Die folgenden Dateien werden dazu benötigt:

# centraxx_excel_filler.properties
# centraxx-excel-filler-fat-1.0-SNAPSHOT.jar
# Eine '''xlsx'''-Datei die annotiert werden soll (KEINE XLS DATEI!)

==== Anleitung ====

# Befüllen der .properties Datei

{| class="wikitable"
|+
!Variablenname
!Beschreibung
|-
|excel.path
|Dateiname mit Dateiendung (zB Biobank.xlsx)
|-
|mapping.first-name
|Spaltenname in dem der Vorname steht (zB Patientenvorname)
|-
|mapping.last-name
|Spaltenname in dem der Nachname steht (zB Patientennachname)
|-
|mapping.birthday
|Spaltenname des Geburtsdatums (Tagesaktuell)
|-
|database.url
|Url der Datenbank (in unserem Fall für Produtiv): swamepbbdb1.intra.kgu.de:1433
|}

Serveradministration

2022-09-30T10:33:22Z

WikiSysop:

=== Serveradministration ===
Die folgenden Server sind über Hetzner zu erreichen (https://console.hetzner.cloud/projects/313256/servers)

# APProVe-Produktiv 135.181.145.86
# iBDF-Server 49.12.108.4
# proskive 88.99.122.71

Für eine Übersicht der laufenden Dienste klicken Sie bitte [[Serverübersicht|hier (Serverübersicht)]].

==== Wartung ====
Pakete updaten:<blockquote>apt-get update && apt-get upgrade</blockquote>

==== 1. iBDF-Server: Laufende Services und Ort der docker-compose.yml ====
Alle Services laufen im /opt/-Ordner.

Alle bisher erstellten Backups befinden sich im /opt/backups/-Ordner

Alle bisher erstellen Datenbank dumps liegen in /op/database-dumps/-Ordner

# Redmine (/opt/redmine_prod/)
# Drupal (/opt/drupal/)
# Wekan (/opt/wekan-mongodb/)
# OnlyOffice (/opt/Docker-CommunityServer/)
# Bluespice (/opt/bluespice/)
# APProVe Marburg (/opt/proskive/)
# LimeSurvey Productive (/opt/limesurvey-prod/)
# LimeSurvey Test (/opt/docker-limesurvey/)
# Kimai (/opt/kimai/)

==== Backups der einzelnen Docker Dienste ====
Für jeden laufenden Docker-Service muss die Datenbank und die persistierten Volumes gesichert werden und über einen cronjob automatisiert sein. Dazu muss zu jeden Service ein Script bereitgestellt werden, dass via <blockquote>crontab -e </blockquote>automatisert werden kann.

===== Übersicht bereits automatisierten Backups =====
Die einzelnen Services werden mittels Volumes auf der Festplatte persistiert.

Es gibt mehrere Möglichkeiten für ein Backup:

# Da die Volumes auf der Festplatte persistiert werden (mitsam des Datenbank-Services) können die Volumes gesichert werden.
# Für eine erhöhte Sicherheit, oder falls es zu Datenbank-Upgrades kommt, sollte die jeweilige Datenbank über ein dump zusätzlich gesichert werden.

{| class="wikitable"
|+
!Service
!Location Backup Script
!Location Database Backup
!Location Volume Backup
!Cronjob
|-
|Redmine
|/opt/redmine_prod/backup.sh
|/opt/database-dumps/redmine
|/opt/backup/redmine
|0 0 * * 7 /bin/bash -c "/opt/redmine_prod/backup.sh" >> /opt/redmine_prod/cronjob.log 2>&1
|-
|OnlyOffice
| -
| -
|/opt/backup/OnlyOffice
| -
|-
|Wekan
| -
| -
|/opt/backup/wekan
| -
|-
|LimeSurvey
| -
| -
|/opt/backup/limesurvey
| -
|-
|Bluespice
| -
| -
|/opt/backup/bluespice
| -
|-
|Kimai
| -
| -
| -
| -
|-
|APProve Marburg
| -
| -
| -
| -
|}

===== Zusätzliche Anleitungen =====

====== Redmine ======
Über die readme.txt im Ordner /opt/redmine_prod können weitere Informationen eingeholt werden zum Image.

'''Plugins'''

Um Plugins in Docker installieren zu können, muss ein eigenes Image gebaut werden, in dem die Plugins vorinstalliert sind. Das zugehörige Dockerfile ist im gleichen Ordner und kann über <blockquote>docker-compose build</blockquote>erstellt werden. Wenn ein neues Plugin hinzugefügt werden soll, muss es über den COPY-Befehl eingebunden werden.

Serveradministration

2022-09-30T10:29:10Z

WikiSysop:

=== Serveradministration ===
Die folgenden Server sind über Hetzner zu erreichen (https://console.hetzner.cloud/projects/313256/servers)

# APProVe-Produktiv 135.181.145.86
# iBDF-Server 49.12.108.4
# proskive 88.99.122.71

Für eine Übersicht der laufenden Dienste klicken Sie bitte [[Serverübersicht|hier (Serverübersicht)]].

==== Wartung ====
Pakete updaten:<blockquote>apt-get update && apt-get upgrade</blockquote>

==== 1. iBDF-Server: Laufende Services und Ort der docker-compose.yml ====
Alle Services laufen im /opt/-Ordner.

Alle bisher erstellten Backups befinden sich im /opt/backups/-Ordner

Alle bisher erstellen Datenbank dumps liegen in /op/database-dumps/-Ordner

# Redmine (/opt/redmine_prod/)
# Drupal (/opt/drupal/)
# Wekan (/opt/wekan-mongodb/)
# OnlyOffice (/opt/Docker-CommunityServer/)
# Bluespice (/opt/bluespice/)
# APProVe Marburg (/opt/proskive/)
# LimeSurvey Productive (/opt/limesurvey-prod/)
# LimeSurvey Test (/opt/docker-limesurvey/)
# Kimai (/opt/kimai/)

==== Backups der einzelnen Docker Dienste ====
Für jeden laufenden Docker-Service muss die Datenbank und die persistierten Volumes gesichert werden und über einen cronjob automatisiert sein. Dazu muss zu jeden Service ein Script bereitgestellt werden, dass via <blockquote>crontab -e </blockquote>automatisert werden kann.

===== Übersicht bereits automatisierten Backups =====
Die einzelnen Services werden mittels Volumes auf der Festplatte persistiert.

Es gibt mehrere Möglichkeiten für ein Backup:

# Da die Volumes auf der Festplatte persistiert werden (mitsam des Datenbank-Services) können die Volumes gesichert werden.
# Für eine erhöhte Sicherheit, oder falls es zu Datenbank-Upgrades kommt, sollte die jeweilige Datenbank über ein dump zusätzlich gesichert werden.

{| class="wikitable"
|+
!Service
!Location Backup Script
!Location Database Backup
!Location Volume Backup
!Cronjob
|-
|Redmine
|/opt/redmine_prod/backup.sh
|/opt/database-dumps/redmine
|/opt/backup/redmine
|0 0 * * 7 /bin/bash -c "/opt/redmine_prod/backup.sh" >> /opt/redmine_prod/cronjob.log 2>&1
|-
|OnlyOffice
| -
| -
|/opt/backup/OnlyOffice
| -
|-
|Wekan
| -
| -
|/opt/backup/wekan
| -
|-
|LimeSurvey
| -
| -
|/opt/backup/limesurvey
| -
|-
|Bluespice
| -
| -
|/opt/backup/bluespice
| -
|-
|Kimai
| -
| -
| -
| -
|-
|APProve Marburg
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Serveradministration

2022-09-30T10:28:37Z

WikiSysop:

=== Serveradministration ===
Die folgenden Server sind über Hetzner zu erreichen (https://console.hetzner.cloud/projects/313256/servers)

# APProVe-Produktiv 135.181.145.86
# iBDF-Server 49.12.108.4
# proskive 88.99.122.71

Für eine Übersicht der laufenden Dienste klicken Sie bitte [[Serverübersicht|hier (Serverübersicht)]].

==== Wartung ====
Pakete updaten:<blockquote>apt-get update && apt-get upgrade</blockquote>

==== Laufende Services und Ort der docker-compose.yml ====
Alle Services laufen im /opt/-Ordner.

Alle bisher erstellten Backups befinden sich im /opt/backups/-Ordner

Alle bisher erstellen Datenbank dumps liegen in /op/database-dumps/-Ordner

# Redmine (/opt/redmine_prod/)
# Drupal (/opt/drupal/)
# Wekan (/opt/wekan-mongodb/)
# OnlyOffice (/opt/Docker-CommunityServer/)
# Bluespice (/opt/bluespice/)
# APProVe Marburg (/opt/proskive/)
# LimeSurvey Productive (/opt/limesurvey-prod/)
# LimeSurvey Test (/opt/docker-limesurvey/)
# Kimai (/opt/kimai/)

==== Backups der einzelnen Docker Dienste ====
Für jeden laufenden Docker-Service muss die Datenbank und die persistierten Volumes gesichert werden und über einen cronjob automatisiert sein. Dazu muss zu jeden Service ein Script bereitgestellt werden, dass via <blockquote>crontab -e </blockquote>automatisert werden kann.

===== Übersicht bereits automatisierten Backups =====
Die einzelnen Services werden mittels Volumes auf der Festplatte persistiert.

Es gibt mehrere Möglichkeiten für ein Backup:

# Da die Volumes auf der Festplatte persistiert werden (mitsam des Datenbank-Services) können die Volumes gesichert werden.
# Für eine erhöhte Sicherheit, oder falls es zu Datenbank-Upgrades kommt, sollte die jeweilige Datenbank über ein dump zusätzlich gesichert werden.

{| class="wikitable"
|+
!Service
!Location Backup Script
!Location Database Backup
!Location Volume Backup
!Cronjob
|-
|Redmine
|/opt/redmine_prod/backup.sh
|/opt/database-dumps/redmine
|/opt/backup/redmine
|0 0 * * 7 /bin/bash -c "/opt/redmine_prod/backup.sh" >> /opt/redmine_prod/cronjob.log 2>&1
|-
|OnlyOffice
| -
| -
|/opt/backup/OnlyOffice
| -
|-
|Wekan
| -
| -
|/opt/backup/wekan
| -
|-
|LimeSurvey
| -
| -
|/opt/backup/limesurvey
| -
|-
|Bluespice
| -
| -
|/opt/backup/bluespice
| -
|-
|Kimai
| -
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| -
| -
|-
|APProve Marburg
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2022-09-30T10:26:34Z

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2022-09-30T10:25:52Z

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2022-09-30T10:12:37Z

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2022-09-30T09:54:31Z

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